Родился в с. Халань Новооскольского уезда Курской губернии, в семье управляющего имениями князей Трубецких.
В 1861-1865 гг. учился на историко-филологическом факультете Московского университета, слушал лекции К. Герца и Ф. Буслаева.
Окончив университет, преподавал русский язык и словесность в средних учебных заведениях Москвы и историю искусств в Московском училище живописи, ваяния и зодчества.
В 1866 г. опубликовал первые статьи по классическому искусству.
С 1867 г. — член Московского археологического общества.
С 1870 г. — приват-доцент Императорского Новороссийского университета в Одессе.
В 1873 г. защитил магистерскую диссертацию "Памятник Гарпий из Малой Азии и символика греческого искусства", в Московском университете.
В 1876 г. защитил докторскую диссертацию «История византийского искусства и иконографии по миниатюрам греческих рукописей». С этого года - член Русского археологического общества.
С 1877 г. — профессор кафедры истории и теории искусств.
Кондаков создал в Новороссийском университете первый в России музей античных слепков. Основал Одесскую рисовальную школу и в 1884-1888 гг. был её директором.
В 1888 г. переехал в Петербург, профессор кафедры истории искусств Петербургского университета (до 1897) и Высших женских курсов, главный хранитель отделения Средних веков и Возрождения в Эрмитаже.
До 1893 г. входил в различные комиссии Императорской Академии художеств.
Учениками Кондакова были Д. Айналов, Е. Редин, Я. Смирнов. Он оказал большое влияние на Н. Лихачева, М. Ростовцева, С. Жебелева, П. Покрышкина, Н. Окунева, Л. Мацулевича, Н. Сычева, В. Мясоедова и др. видных историков и историков искусства.
В 1895 г. стал одним из организаторов, основанного центра византиноведения Русского Археологического института в Константинополе.
С 1898 г. — действительный член Петербургской Академии наук историко-филологического отделения.
С 1900 г. — отделения русского языка и словесности.
В 1901 г. организовал Комитет попечительства о русской иконописи и управлял делами комитета.
В 1905 г. участвует в создании экспозиций икон в Третьяковской галерее и Русском музее. Признан экспертом в области реставрации и охраны памятников средневекового искусства.
С 1907 г. — почетный член Киевской, а с 1908 г. — Петербургской, духовных академий.
В 1867-1914 гг. совершил множество поездок с целью изучения памятников искусства, в том числе в Крым, в Грузию, на Кубань, по древнерусским городам, по иконописным селам Владимирской губернии; посещал Германию, Чехию, Швейцарию, Францию, Англию, Италию, Турцию, Египет, Грецию, Сирию, Палестину, Испанию, Венгрию, Швецию и др.
В своих трудах Кондаков впервые охарактеризовал важные особенности византийского искусства и обосновал его периодизацию.
Изучая культуры Византии и византийского ареала (Закавказья, балканских стран и Древней Руси), проделал большую работу для выяснения связей и взаимовлияния между ними и отличительных черт каждой из этих культур. Поставил проблему генетического родства искусства Западной Европы, Византии и Востока, прежде всего применительно к прикладному искусству и архитектурной декорации.
Исследования Кондакова посвящены, как отдельным видам художественной деятельности: "Мозаики мечети Кахрие-джами в Константинополе" (Одесса, 1881); "Византийские эмали" (СПб., 1892 одновременно изд. на франц. и нем. яз. во франкфурте-на-Майне), так и комплексам памятников крупных регионов и культурных центров: "Византийские церкви и памятники Константинополя" (Одесса, 1887); "Русские клады. Исследования древностей великокняжеского периода", (т. 1, СПб., 1896); "Памятники христианского искусства на Афоне" (СПб., 1902); "Македония. Археологическое путешествие" (СПб., 1909).
Для изучения истории искусства в России большое значение имели работы: "Русские древности в памятниках искусства" (СПб., 1889-97); "О научных задачах истории древнерусского искусства" (СПб., 1899).
Научный подход к памятнику Кондаков видел не в подробном его описании, а в выявлении главных его черт. Он стал выдающимся знатоком историко-культурной проблематики искусства. Использовал, принцип типологической систематизации памятников и тонкий анализ их техники.
Будучи последователем Буслаева, он развил иконографический метод, соответствующий каноническому характеру средневековой художественной культуры. Метод включал в себя и традиционный для науки XIX в. анализ стиля.
Крупнейшие труды Кондакова, "Иконография Господа Бога и Спаса Нашего Иисуса Христа" (СПб., 1905) и "Иконография Богоматери" (т. 1-2. СПб., 1914; Пг,, 1915).
Универсальность его научных интересов, оперировавшего огромным количеством фактов, уникальные знания в области художественных ремёсел были связаны с его работой по сбору и систематизации памятников искусства в хранилищах (музеях, ризницах, частных коллекциях и т.д.) и главым образом, в естественной среде. Кондаков проводил раскопки в Керчи, Херсонесе, на Тамани.
В апреле 1917 г. Кондаков уехал из Петрограда в Одессу. Затем жил в Ялте, там завершил работу над книгой "Русская икона".
В сентябре 1918 г. возвращается в Одессу, читает лекции в университете по истории русской иконописи. Редактирует в 1919-1920 гг. газету "Южное слово" (отдел иностранной политики). Одновременно проводил на дому занятия по искусству Возрождения.
8 февраля 1920 г. эмигрировал из Светской России и обосновался в Софии (Болгария). Читает лекции в Софийском университете по средневековому искусству и культуре Восточной Европы, изучает древности Болгарии.
В Одессе и Софии у Кондакова учились, искусствовед Н. Окунев и историк искусства А. Грабар.
26 апреля 1922 г. переехал в Чехословакию. В Пражском университете читает курс "О роли восточноевропейских славянских и кочевых народностей в истории образования общеевропейской культуры", лекции по истории античного быта и культуры (опуб. в 1931), по проблемам орнамента.
Кондаков был почетным президентом II-го Конгресса русских ученых за границей. Его научная деятельность отмечена более чем 50-ю дипломами научных обществ, университетов и академий разных стран. 80-летие Кондакова отмечалось в Чехословакии на государственном уровне.
В апреле 1924 г. выступил с докладом на I-м Конгрессе византинистов в Бухаресте (Румыния).
Пражскими учениками Кондакова были: А. Калитинский, Н. Беляев, Н. Толль, М. Андреева, Д. Рассовский и др., объединившиеся после его смерти в Институт им. Н.Кондакова в Праге.
Скончался и похоронен в Праге.
Посмертно изданы:
"Русская икона" (тт. 1- 4. Прага, 1928-33: на англ. яз.: Лондон, 1927),
"Воспоминания и думы" (Прага, 1927),
"Очерки и заметки по истории средневекового искусства и культуры" (Прага, 1929).
Часть работ Кондакова остались неопубликоваными: т.З "Иконографии Богоматери (Мадонны)" (в 1925 рукопись куплена Ватиканом); т.2 "Русских кладов"; "История средневековой итальянской миниатюры".
В 1953 г. уникальная библиотека, коллекция русских икон и богатейшим архив Института им. Н.Кондакова переданы Институту истории искусств Академии Наук ЧССР.
Личный архив Кондакова и поныне (2015) хранится в Литературном архиве Музея национальной литературы в Праге.
И. Кызласова
Ист.:
Русское зарубежье. Золотая книга эмиграции. Первая треть ХХ века.
Энциклопедический биографический словарь. Москва: Российская политическая энциклопедия, 1997.